1、环境因素：

破坏肠道菌群的环境因素有污染的大气、污染的水源、房屋装修散发出来的汞和铅等重金属污染，以及甲醛，苯等污染物。这些因素都会导致肠道未老先衰。

2、饮食和生活习惯：

不健康的生活方式，吸烟、喝酒、熬夜等。还有暴饮暴食、食用过多的肉食、过多的酸性食物、过多的快餐方便食品、过多的煎炸油腻食品、过多的冷饮食品等。

3、精神因素：

精神压力过大也可破坏肠道菌群平衡。如当宇航员从太空返回地球时,其体内绝大部分有益菌如乳酸菌已大部分损失。如果工作过于紧张繁忙，经常参加酒宴应酬，过重的精神压力而产生焦虑、抑郁等情绪，导致神经内分泌系统功能失调，肠道生理功能紊乱，使肠道内微生态环境失去平衡，进而造成肠道老化。

4、手术、外伤、感染、肿瘤、化学物品及疾病对肠道菌群也有影响，特别是危重症患者，有时可丧失整个乳酸菌群。肿瘤治疗、同位素、激素、放射治疗和化疗均可在治疗疾病的同时降低机体免疫力，破坏肠道菌群的平衡。

5、滥用抗生素：

长期大量使用广谱抗生素后,可使大多数敏感菌和正常菌群被抑制或杀死，而耐药菌则由于抗生素的选择作用得以大量繁殖，结果导致菌群失调，出现腹泻或便秘等症状。

6、疾病：维生素缺乏及相关疾病:

肠道菌群对维生素产生影响，而维生素和肠道菌群之间的作用是双向的，维生素也会影响肠道菌群。维生素通过调节免疫力、细菌生长和新陈代谢来改变肠道微生物群的组成。例如，膳食补充剂中的维生素B、维生素C、维生素D和维生素E通过有利于双歧杆菌、乳酸杆菌和罗斯氏菌等有益菌属的肠道黏膜扩张和定植，在很大程度上有助于微生物的组成。

维生素A具有多种生理功能,对维持上皮细胞结构的完整和功能的健全具有重要作用。维生素A是上皮细胞合成和分化的重要调节因子，缺乏后，可导致肠黏膜屏障完整性下降，降低人体的免疫功能，诱导炎症反应增强，导致黏膜损伤，引起腹泻。

腹泻也会进一步导致儿童血清维生素A水平下降，甚至导致维生素A缺乏的发生。维生素A缺乏与儿童腹泻互为因果并呈现一种恶性循环，即维生素A缺乏的儿童更易罹患腹泻，而腹泻则会进一步加重患儿维生素A缺乏，补充维生素A则有助于打破这种恶性循环。肠道菌群的多样性和平衡性对维持肠道正常的生理功能十分重要，迁延性腹泻会加剧肠道菌群失调。研究表明，维生素A的主要作用是促进肠道菌群的平衡，而VAD会降低肠道菌群的多样性。